中國科學院國家基因研究中心成立于 1992 年 , 由中華人民共和國科學技術部、中國科學院、上海市人民政府共同支持建立。中心從 1993 年就開始以中國主要栽培品種秈稻廣陸矮 4 號（ Oryza sativa ssp indica cv Guangluai 4 ）為水稻基因組研究品系，進行基因組研究，并先后取得了一系列學術成果。
1998 年 , 基因中心作為中國大陸的參與單位，加入由政府和其它公共資金支持的國際水稻粳稻（ Oryza sativa ssp japonica ）基因組測序計劃（ International Rice Genome Sequencing Project ， IRGSP ），承擔了第四號染色體的精確測序任務。該項目在國家人類基因組南方研究中心和中科院遺傳與發育生物學研究所等單位的協作下順利完成。
基因中心現有研究人員 42 名，其中副高以上研究人員 6 人，在讀博士研究生 16 名，在職研究生 2 名。研究部門由三部分組成：測序部、生物技術部、生物信息學部?；蛑行囊严蚬矓祿爝f交了超過 5 千萬堿基的水稻基因組 DNA 序列數據。
自2007年以來，新一代 DNA 測序方法的誕生和技術逐漸成熟為大規模發現和利用水稻遺傳資源開辟了有效的新途徑。 基因中心及時利用高通量分析新技術，率先開發了高通量基因型鑒定的方法。這種新方法集低時耗、高性價比、高密度和高精度等眾多優點于一身。采用這一方法完成了一組秈、粳稻重組自交系的基因型鑒定，與目前廣泛應用的分子標記相比，新方法在速度上加快了 20 倍，在精度上提高了 35 倍。分析這種高分辨的遺傳重組圖譜直接將控制株高的著名 “ 綠色革命 ” 基因精確定位到了 100kb 的范圍內。
剛剛啟動的研究課題定位于完成對數百個代表我國水稻種質資源的栽培品種進行全基因組再測序。迅速、鑒定覆蓋全基因組的單核苷酸多態性，全面深入掌握我國水稻資源的遺傳多樣性?；谶@一研究系統，全國水稻研究者可以對重要農業性狀進行關聯作圖分析，并大規模、高效地定位、克隆控制各種重要性狀的基因，探索基因組輔助的分子育種手段。其方法可以推廣到對其它作物的基礎和應用研究中，進一步保障我國糧食安全。同時嘗試的高通量功能基因組研究的新技術還包括表達組和染色質免疫沉淀測序。目前已經啟動了對水稻秈、粳兩個亞種主要品種的高通量轉錄組測序及功能研究；另外，還將開展對其它植物（能源植物）的高通量基因組和轉錄組測序和研究，從而將最初以測序為目標的基因組學發展到以測序為手段，支撐大規模、高通量研究基因的結構基因組、比較基因組和功能基因組學研究的新階段。不斷推進和利用基因組學的思想和方法，系統、深入地研究遺傳學、植物學和水稻生物學中基礎和應用的科學問題。