中國科學院蛋白質科學研究平臺（簡稱平臺）是生物物理研究所獨立建制的公共技術支撐機構，負責向所內外科研人員提供技術服務。
歷經10余年建設，平臺已建立了以結構與功能分析技術實驗室、生物成像中心、蛋白質組學技術實驗室和實驗動物中心4個專業技術實驗室為核心，以儀器創新研制和技術服務中心為特色，以5個開放實驗室為輔助的蛋白質科學研究技術裝備體系。平臺直接管理的在用科研裝備340臺件，合計賬面金額為2.5億元；事業編制職工55人，其中專職管理崗位2人，專職技術支撐崗位職工54人（包括正高級技術職稱10人，副高級技術職稱25人）。
結構與功能分析技術實驗室主要以蛋白質晶體衍射結構解析和核磁譜儀分析技術為主要技術能力，完整涵蓋了從蛋白質制備到蛋白質功能分析的技術條件保障。
生物成像中心致力于實現對生物學對象從納觀尺度到介觀尺度的高分辨率三維成像，通過對生物超微高分辨率三維結構的研究來回答生命科學的關鍵問題。目前，該中心集成了超分辨率光學顯微技術、低溫電子顯微技術、三維重構技術、低溫掃描微加工技術、單分子熒光成像技術、原子力顯微技術、光電關聯顯微成像技術以及一系列生物顯微成像樣品技術，承擔了北京及周邊地區生物顯微成像技術服務工作，促進了相關生命科學前沿研究的進展，成為我國生命科學基礎研究的重要支撐平臺。
蛋白質組學技術實驗室以分析測試中心為運行模式。實驗室全面開展了基于色譜、電泳、質譜和穩定同位素標記技術的蛋白質組學和代謝組學新技術、新方法研究與應用，為所內外所承擔的重大科研課題提供技術支撐服務或開展合作研究。
動物實驗中心是研究所科研工作重要的科研設施。中心以動物實驗為主旨，為研究所課題組提供SPF級別實驗動物飼養與動物實驗技術服務。同時開展病理分析以及與實驗動物相關的實驗技術和實驗方法創新研究。
儀器創新研制和技術服務中心承擔了研究所創新儀器研制和工作，同時為研究所和周邊科研單位提供了儀器維修服務。
根據“中國科學院儀器設備共享管理系統”的數據統計，自2008年度以來，平臺運行績效穩步增長，呈現出可持續的、穩定的發展態勢。2015年平臺上網預約使用的儀器設備合計完成預約服務次數達到2.3萬次，總使用機時突破10萬小時，年度收入首次突破2000萬元，設備共享率達到87%。
在優先保障支撐研究所和區域中心成員單位的科研需求的基礎上，生物物理研究所是首都科技條件平臺中科院實驗研發服務基地的成員單位之一，各重點實驗室以及科學研究平臺均對外開放，服務領域涉及蛋白質分離純化與鑒定、蛋白質靶點篩選和確證及基于蛋白質結構的藥物設計、蛋白質與多肽藥物的輸送系統、蛋白質與多肽藥物的修飾、重組蛋白質藥物的上游工藝、抗體藥物的研發等。服務形式主要有技術開發、技術服務、技術轉讓和檢測服務。